ה-29 באוקטובר, שהוא יום השנה להתקפה על מצרים, הידועה בשמות "מלחמת סיני", "מבצע סיני" ו"מבצע קדש", הוא גם יום השנה לטבח בכפר קאסם. להלן קטעים מפרטיכל משפט נאשמי הטבח בכפר:
"ראשוני החוזרים שעליהם נפתחה אש יריות במבוא המערבי של הכפר היו ארבעה פועלי מחצבות, שחזרו על גבי אופניים ממקומות עבודתם בסביבות פתח-תקווה וראש העין. זמן קצר אחרי התחלת העוצר עברו ארבעת הפועלים בצוותא את המזלג [צומת דרכים במבוא המערבי של הכפר] כשהם מובילים את אופניהם בידיהם, ואחרי שהתקדמו כ-10–15 מטר בדרך בית הספר, נפתחה עליהם מאחור או מצידם השמאלי אש מטווח קצר. שניים מתוך הארבעה, אחמד מוחמד פריג', עלי עותמן טהה (30), נהרגו על ידי היריות, אחד (העד מחמוד מוחמד פריג', אחיו של ההרוג אחמד פריג') נפצע בירכו ובזרועו, ואחד (העד עבדאללה סמיר בדיר) הפיל את עצמו על הארץ בלי להיפגע. על מחמוד הפצוע נפלו אופניו וכיסו אותו; וכך שכב בלי לנוע במשך כל יתר תקריות הדמים שהתחוללו בסביבתו; לבסוף זחל לכרם זיתים ושכב תחת עץ זית עד אור הבוקר. על עבדאללה נפתחו יריות מחדש בהתגלגלו מהכביש הצידה, הוא נאנח והעמיד פני מת, ואחרי שתי התקריות הבאות שאירעו על ידו התחבא בתוך עדר עזים שרועיו נהרגו ונמלט עם העזים לכפר…
"זמן קצר אחרי התקרית הנ"ל הגיעה למזלג עגלה בת שני גלגלים הרתומה לפרה ובה ישבו העד אסמעיל מחמוד בדיר… ובתו הקטנה (בת 8), שחזרו מפתח-תקווה. על-יד העגלה או מאחוריה הלכו ברגל שני גברים שנשאו ירקות, אחד מהם תושב כפר-ברה, וכן העד מוחמד עבדול רחים עיסא, נער בן 14. באותו הזמן הגיע סגן [גבריאל] דהאן במכוניתו, ועמו חולייתו הניידת… והנהג חסקל יעקב, בסיור על-יד המזלג. מפקד המחלקה [דהאן] פקד על אנשי חולייתו לרדת מן המכונית. הם ירדו עם נשקם (ברן ושני רובים), והמ"מ ירד עם תת-מקלע עוזי בידו וניגש לעגלה. דהאן ציווה על איסמעיל לרדת מן העגלה ולעמוד יחד עם שני הולכי הרגל המבוגרים בשורה אחת בשולי הכביש… על הנער מוחמד פקד דהאן לעלות על העגלה ושלח אותו יחד עם הילדה הבוכה לכפר… דהאן נתן פקודת אש וירה בשלושת הגברים צרור כדורים בעוזי שבידו… שלושת הגברים שעמדו בשולי הכביש נפגעו ביריות ונפלו… היריות נמשכו עליהם גם כאשר שכבו על האדמה. שניים מתוך השלושה, והם שני הולכי הרגל נושאי הירקות – גאזי מחמוד דרויש עיסא (20), מוחמד עבד רחמאן עאסי… נהרגו. אסמעיל נפגע קשה על ידי יריות-מספר בשתי מותניו ובירך ונחשב על ידי אנשי משמר הגבול כמת.
"זמן קצר אחרי מעשה הרצח הזה חזרו רועה צאן ובנו – נער בן 12 – עם עדרם מן המרעה. הם התקרבו לדרך מסחה, 2–3 חיילים שעמדו ליד המזלג פתחו ביריות מטווח קצר על הרועה ובנו והרגום. שמות ההרוגים: עותמן עבד עבדאללה עיסא (30), פתחי עותמן עבד עיסא (12).
"…זמן קצר אחרי מכוניתו של עודה הגיעה למזלג עגלה בת 4 גלגלים הרתומה לפרה ובה ישבו בעל העגלה – העד אסמעיל עקאב בדיר – שבא מפתח-תקווה, ובן דודו – העד תופיק אברהים בדיר – שהצטרף אליו בדרך. על יד המזלג נעצרה העגלה על ידי חייל, שציווה על שני הנוסעים לרדת מן העגלה ולעמוד על ידה בכביש. החייל עמד ליד המזלג, ולא הרחק ממנו – לצד דרך בית הספר – שכבו שני חיילים נוספים עם נשקם. מיד אחרי העגלה התחילו להגיע למזלג חבורות חבורות של רוכבי אופניים, פועלים שחזרו לכפר קאסם מעבודתם, כשפנסיהם דולקים. כל אחד מהם נצטווה על ידי החייל העומד לשים את אופניו על-יד העגלה ולעמוד בשורה אחת עם נוסעי העגלה ויתר רוכבי האופניים. בסך הכל הועמדו בשורה על הכביש כ-13 איש. כשאחד מהם – המנוח סלים אחמד בשיר בדיר – עמד בקצה השורה, צעק החייל: "כלב, עמוד באמצע השורה!" והמנוח עבר לאמצע השורה…
"כשלא נראו באופק פנסים של אופניים נוספים, שאל החייל הנ"ל את העומדים בשורה מאין הם, ותשובתם היתה כי כולם מכפר קאסם. באותו רגע צעד החייל אחורנית, פקד על שני החיילים ששכבו באלכסון מול השורה (ושבידי אחד מהם היה ברן…): "תקצור אותם", ומיד ניתך מטר יריות על שורת העומדים. כולם נפלו, חוץ ממוסטפא… הזריז, שברח וקפץ מעל לגדר. החיילים הוסיפו וירו באותם השוכבים שגילו סימני חיים, וכשכולם נראו מתים או גוססים פינו את הכביש מהגופות וריכזו אותם בערימות לצד הכביש. מ-13 העומדים על הכביש נהרגו שישה וארבעה נפצעו קשה. ואלה שמות ההרוגים – מחמוד עבדול ראזק סרסור (18), עלי נימר מוחמד פריג' (17), סלאח מוחמד אחמד עאמר, סלים אחמד בשיר בדיר (50), עבדאללה עבדול ג'אסר בדיר (25), עבד סלים סאלח עיסא (20).
"…זמן מה אחרי המשאית הנ"ל הגיעה למקום משאית שלישית, ובה 4 גברים… ו-14 נשים בנות כל הגילים (מגיל 12 עד 66), שחזרו לכפר קאסם… המשאית נסעה בכביש למזלג מבלי להיעצר, ואחד החיילים שנמצא עדיין בשטח התקרית הקודמת… רץ אחריה וצעק: "עצור!" המשאית סבבה את המזלג ועברה לדרך בית הספר, והחייל חצה את השטח בין שתי הדרכים… וצעק "עצור, עצור!" ובאותו זמן קרא ל-2 או 3 חיילים אחרים, שחנו בשטח שבין שתי הדרכים, שיבואו אחריו; חיילים אלה הצטרפו אליו.
"המשאית עצרה בדרך לבית הספר… החייל הראשון ציווה על הנהג והנוסעים לרדת. הנהג הציב סולם ליד ארגז המשאית ואמר לנשים: "אחיותי, רדנה, תוציאו תעודות-זהות, אחיותי!" הנשים, שהספיקו לראות בדרך סביב המזלג גוויות של בני כפרן שהיו מוטלות לצדי הכביש, התחננו לפני החייל המפקד לחוס על חייהן. החייל לא שעה לא לתעודות ולא לתחינות, עמד על פקודתו שכולם יירדו מן המכונית, וכשכל 14 הנשים ו-4 הגברים עמדו על הארץ, נתן פקודת אש לחיילים הנ"ל שהגיעו למקום. החיילים פתחו באש על הקבוצה ולא נחו, עד ש-17 מתוך ה-18 נהרגו והנפש היחידה שנותרה בחיים – חנה סולימאן עאמר, בת 16 – נפצעה קשה בראשה וברגלה ונראתה כמתה. ואלה שמות ההרוגים: מחמוד מוחמד מסרווה (25), מוחמד דיאב עבד סרסור, מוחמד סלים כדר סרסור (15), עבדאללה מוחמד עבד סרסור, סאפה מוחמד עסעיס סרסור (45), פאטמה סאלח אחמד סרסור, אמנה קאסם סעיד טהא (50), ח'מיסה פרג' מוחמד עאמר (50), זגלולה אחמד בשיר עיסא (45), חלווה מוחמד עודה בדיר (60), פאטמה דאוד חמד סרסור (30), רשיקה פאיק אברהים בדיר, זינב עבדול רחמן טהא (45), פאטמה מוחמד סולימאן בדיר (40), פאטמה מוסטפא מוחמד עיסא (18), לטיפה דאוד מוחמד עיסא, זהדיה מוחמד אסמעיל טהא. שתיים מן הבנות ההרוגות (רשיקה ולטפיה) היו בנות 12, ושתיים (פאטמה וזדיה) בנות 14".
כך תוארו פרטי הפשע בבית המשפט; כך נטבחו 49 מתושבי כפר קאסם.
11 נאשמים הועמדו לדין. שנתיים לאחר הטבח, ב-16 באוקטובר 1958, ניתנו פסקי-הדין. חלק מן הנאשמים נידון למאסר, חלק זוכה. העונשים המקסימליים היו 17 ו-15 שנות מאסר.
אך בכך לא תמה הפרשה.
מיד לאחר מתן פסק-הדין הוגש עליו ערעור לבית-הדין הצבאי העליון לערעורים. בית-דין זה מצא שהעונש שהוטל על הרוצחים היה "חמור" ביותר, ומן הראוי להקל בו. עונשו של רס"ן מלינקי, למשל, שהיה 17 שנות מאסר, הופחת ל-14. עונשו של סגן דהאן הופחת מ-15 שנים ל-10 שנות מאסר.
הרמטכ"ל מצידו תרם אף הוא משהו להקלת העונש: מלינקי – 10 שנים, דהאן – 8 שנים, השאר – 4 שנים. נשיא המדינה העניק חנינה חלקית למלינקי ולדהאן והפחית את עונשם ל-5 שנות מאסר. ועדת השחרורים ציוותה על הפחתת שליש מהעונש לכל אחד מהנידונים.
הנידון האחרון בפרשת כפר קאסם שוחרר בתחילת 1960 – כלומר: כ-3.5 שנים לאחר ביצוע הטבח. זאת ועוד: בספטמבר אותה שנה (1960) הודיעה עיריית רמלה כי היא מקבלת לעבודה את דהאן, שהורשע ברצח 43 ערבים תוך שעה אחת, בתור "ממונה על ענייני ערבים" בעיר!
גם בכך לא תמה הפרשה.
עניין מיוחד בפני עצמו עורר חלקו של אל"מ יששכר שדמי (מי שנודע במלחמה האחרונה בכינוי "איסקה") בפרשה – תחת פיקודו הועמד גדודו של מלינקי (ושל אחרים) באותה עת. שדמי לא הועמד לדין עם אלה שביצעו במו ידם את הטבח. הפרטים על חלקו בפרשת הדמים נודעו רק לאחר שניתן פסק-הדין. במהלך המשפט נזכרו כמה פסוקים ששדמי אמר לפקודיו בשעה שהודיע להם על הטלת העוצר בכפרי המשולש, ביניהם התשובה שהשיב לשאלות החיילים בקשר לגורלם של החוזרים מעבודתם מחוץ לכפר, באומרו "בלי סנטימנטים!" ו"אללה ירחמו" (השם ירחם עליו). בית-המשפט קבע בפסק דינו, בצורה שאינה משתמעת לשתי פנים, כי שדמי הנו האחראי הראשון לפרשה, על-ידי שורת ההוראות המפורשות שנתן לפקודיו.
לבסוף הועמד שדמי לדין, בפני בית-דין צבאי אחר. בית-דין זה דן במהירות בעניין שדמי, מצא אותו אשם (בעבירה "טכנית גרידא") ודן אותו לעונש של… נזיפה ותשלום קנס בסך אגורה אחת!